Cidade dos etéreos dá sequência ao celebrado O orfanato da srta. Peregrine para crianças peculiares, em que o jovem Jacob Portman, para descobrir a verdade sobre a morte do avô, segue pistas que o levam a um antigo lar para crianças em uma ilha galesa. O orfanato abriga crianças com dons sobrenaturais, protegidas graças à poderosa magia da diretora, a srta. Peregrine. Neste segundo livro, o grupo de peculiares precisa deter um exército de monstros terríveis, e a srta. Peregrine, única pessoa que pode.