A aventura que começou em O Lar da Senhora Peregrine para Crianças Peculiares e que continuou em Cidade sem Alma chega agora a uma emocionante conclusão em Biblioteca de Almas. Jacob Portman, o herói que viajou no tempo para encontrar as crianças peculiares, explora a sua peculiaridade e descobre um poder até então desconhecido.

Acompanhado de Emma Bloom, a rapariga que consegue produzir fogo com as mãos, e Addison MacHenry, um cão capaz de localizar qualquer peculiar, parte numa viagem ao passado para tentar salvar os seus amigos peculiares e o futuro de todos eles.